Disordered protein sequence analysis

 A rendezetlen fehérjék több más fehérjével való kölcsönhatásra képesek, önmagukban azonban nem rendelkeznek jól definiált térszerkezettel. Más fehérjékhez kötődve szerkezetük legalább egy része rendeződik és létrejön a kölcsönhatás. A partner általában rendezett fehérje, azonban létezik a rendezetlen fehérjéken belül egy elkülönülő csoport, melynek tagjai egymást kölcsönösen segítve, rendezett partner nélkül is képesek rendezett szerkezet felvételére (mutual synergistic folding proteins; MSF). Csoportunk létrehozta az MFIB adatbázist és megmutatta, hogy ezek a fehérjék bizonyos tulajdonságaikban különböznek más rendezetlen fehérjéktől. Az adatbázisban megtalálható homo- és heterodimerek elemzésével fényt derítettünk ezen fehérjék speciális tulajdonságaira, melyek felelőssé tehetők a monomer formában rendezetlen fehérjeláncok oligomerizáció során felvett rendezett szerkezetének kialakulásáért. Az MFIB fehérjékben található aminosav párok előfordulási gyakoriságát tervezzük összehasonlítani globuláris fehérjékben előforduló aminosav párgyakoriságokkal. Az eredmények alapján eseteleg predikciós módszer is létrehozható, mely az aminosavsorrend alapján predikálja, hogy az adott szekvenciájú fehérje az MSF csoportba tartozik-e.

Contact information for project leader
Magyar Csaba
Természettudományi Kutatóközpont